Aunque es posible heredar algunos tipos de anomalías cromosómicas, la mayoría de los trastornos cromosómicos (como el síndrome de Down y el síndrome de Turner) no se transmiten de una generación a otra.

Algunas afecciones cromosómicas son causadas por cambios en la cantidad de cromosomas. Estos cambios no se heredan, sino que ocurren como eventos aleatorios durante la formación de células reproductoras (óvulos y espermatozoides). Un error en la división celular llamado no disyunción da como resultado células reproductoras con un número anormal de cromosomas. Por ejemplo, una célula reproductiva puede ganar o perder accidentalmente una copia de un cromosoma. Si una de estas células reproductivas atípicas contribuye a la composición genética de un niño, él o ella tendrá un cromosoma extra o faltante en cada una de las células del cuerpo.

Los cambios en la estructura cromosómica también pueden causar trastornos cromosómicos. Algunos cambios en la estructura cromosómica pueden heredarse, mientras que otros ocurren como accidentes aleatorios durante la formación de células reproductivas o temprano en el desarrollo fetal. Debido a que la herencia de estos cambios puede ser compleja, hablar con un profesional de la genética puede ser conveniente para las personas preocupadas por este tipo de anomalía cromosómica.

Algunas células cancerosas también presentan cambios en la cantidad o estructura de sus cromosomas. Debido a que estos cambios ocurren en las células somáticas (células distintas de los óvulos y los espermatozoides), no pueden transmitirse de una generación a otra.