La primera terapia genética se hizo hace más de treinta años. Los primeros estudios mostraron que la terapia genética podía tener riesgos de salud muy serios, como toxicidad, inflamación y cáncer. Desde entonces, los investigadores han estudiado los mecanismos y desarrollado mejores técnicas que tienen menos probabilidades de causar reacciones inmunitarias peligrosas o cáncer. Dado que estas técnicas son relativamente nuevas, algunos de los riesgos pueden ser impredecibles. Sin embargo, investigadores médicos, instituciones y agencias regulatorias están trabajando para asegurarse que la investigación de terapia genética, los estudios clínicos y tratamientos aprobados sean lo más seguros posible. 

Leyes, regulaciones y pautas integrales ayudan a proteger a las personas que participan en estudios de investigación (o estudios clínicos). La Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA, por sus siglas en inglés) regula todos los productos de terapia genética en los EE. UU. y supervisa la investigación en esta área. Los investigadores que deseen probar este enfoque en un estudio clínico primero deben obtener autorización de la FDA. La FDA tiene la autoridad de rechazar o suspender los estudios clínicos que sospeche no son seguros para sus participantes. 

Los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) también juegan un papel importante a la hora de garantizar la seguridad de la investigación de la terapia genética. Los NIH brindan pautas a seguir para los investigadores e instituciones (como universidades y hospitales) cuando conducen estudios clínicos con terapia genética. Estas pautas dictan que los estudios clínicos en instituciones que reciben fondos de los NIH para este tipo de investigaciones deben estar registradas en la Oficina de Actividades de Biotecnología. Luego, el Comité Asesor de ADN Recombinante (RAC) de los NIH revisa el protocolo, o plan, de cada estudio clínico para determinar si presenta problemas médicos, éticos o de seguridad que justifiquen una mayor discusión en la reunión pública del RAC.

Una Junta de Revisión Institucional (IRB) y un Comité Institucional de Bioseguridad (IBC) debe aprobar cada estudio clínico de terapia genética antes de que pueda llevarse a cabo. Un IRB es un comité de asesores científicos, médicos y consumidores que revisa toda la investigación dentro de una institución. Un IBC es un grupo que revisa y aprueba un estudio de investigación potencialmente peligroso de una institución. Múltiples niveles de evaluación y supervisión aseguran que cualquier problema de seguridad sea la principal prioridad en la planificación y realización de una investigación de terapia genética.

El proceso de los estudios clínicos ocurre en tres fases. La fase I del estudio determina si un tratamiento es seguro para las personas e identifica sus efectos secundarios. La fase II del estudio determina si el tratamiento es efectivo, es decir, si funciona. La fase III del estudio compara el nuevo tratamiento a los tratamientos disponibles en la actualidad. Los médicos quieren saber si el nuevo tratamiento funciona mejor o si tiene menos efectos secundarios que el tratamiento estándar. La FDA revisa los resultados del estudio clínico. Si determina que los beneficios del tratamiento superan los efectos secundarios, aprueba la terapia y los médicos pueden utilizarla para tratar un trastorno. 

Estudios clínicos exitosos han resultado en la aprobación de un pequeño número de terapias genéticas, incluyendo terapias para tratar trastornos hereditarios como atrofia muscular espinal y amaurosis congénita de Leber.