La secuencia de ADN de un gen se puede alterar de varias formas. Las variantes genéticas (también conocidas como mutaciones) pueden tener diversos efectos sobre la salud, según dónde se produzcan y si alteran la función de las proteínas esenciales. Los tipos de mutaciones incluyen:

Sustitución

Este tipo de variante reemplaza un bloque de construcción de ADN (nucleótido) por otro. Además, las variantes de sustitución pueden clasificarse por el efecto que tienen sobre la producción de proteína a partir del gen alterado.

• Cambio de sentido: Una variante con cambio de sentido es un tipo de sustitución en la que el cambio de nucleótido resulta en el reemplazo de un bloque de construcción de proteína (aminoácido) por otro en la proteína hecha a partir del gen. El cambio de aminoácidos puede alterar la función de la proteína.

• Sin sentido: Una variante sin sentido también es un tipo de sustitución. En vez de causar un cambio en un aminoácido, la secuencia de ADN alterada resulta en una señal de detención que prematuramente indica a la célula que deje de fabricar una proteína. Este tipo de variante da como resultado una proteína acortada que puede funcionar mal, no funcionar o romperse.

Inserción

Una inserción cambia la secuencia de ADN en un gen al agregar uno o más nucleótidos al gen. Como resultado, la proteína producida del gen puede no funcionar correctamente.

Deleción

Una deleción cambia la secuencia de ADN al eliminar al menos un nucleótido en un gen. Las deleciones pequeñas pueden eliminar uno o algunos pares de bases dentro de un gen, mientras que las deleciones más grandes pueden eliminar un gen completo o varios genes vecinos. El ADN eliminado puede alterar la función de las proteínas resultantes.

Deleción-inserción

Esta variante ocurre cuando una deleción y una inserción ocurren al mismo tiempo en la misma ubicación en el gen. En una variante de deleción-inserción, se elimina al menos un nucleótido y se inserta al menos un nucleótido. Sin embargo, el cambio debe ser lo suficientemente complejo como para diferir de una simple sustitución. Es posible que la proteína resultante no funcione correctamente. Una variante de deleción-inserción (delins) también se puede conocer como una variante de inserción-deleción (indel).

Duplicación

Una duplicación ocurre cuando un tramo de uno o más nucleótidos en un gen se copia y se repite junto a la secuencia de ADN original. Este tipo de variante puede alterar la función de la proteína elaborada a partir del gen.

Inversión

Una inversión cambia más de un nucleótido en un gen al reemplazar la secuencia original con la misma secuencia en orden inverso.

Variante con cambio del marco de lectura

Un marco de lectura consiste en grupos de tres nucleótidos, cada uno de los cuales codifica un aminoácido . Una variante de cambio de marco de lectura ocurre cuando hay una adición o pérdida de nucleótidos que desplaza al grupo y cambia el código para todos los aminoácidos siguientes. La proteína resultante suele ser no funcional. Las inserciones, eliminaciones y duplicaciones pueden ser variantes de desplazamiento de marco de lectura. 

Expansión repetida

Algunas áreas de ADN contienen secuencias cortas de nucleótidos que se repiten varias veces seguidas. Por ejemplo, una repetición de trinucleótidos está formada por secuencias de tres nucleótidos y una repetición de tetranucleótidos está formada por secuencias de cuatro nucleótidos. Una expansión repetida es una variante que aumenta el número de veces que se repite la secuencia corta de ADN. Este tipo de variante puede hacer que la proteína resultante funcione en forma incorrecta.